Quizá mi respuesta este un poco influenciada porque no sé desarrollar muy bien con flash y manejo muy poco de actionscript. Pero, en mi humilde opinión, definitivamente XHTML y CSS. Nada más fastidioso que llegar a un sitio hecho un flash, así esté hermoso.

Las razones son sencillas.

El posicionamiento en buscadores es casi nulo.
La compatibilidad depende de un plugin (shockwave).
No es posible separar contenido de estilo (esto elimina la compatibilidad con móviles, la lectura para discapacitados, entre otras cosas).
Dependes de una aplicación comercial única (flash) para desarrollarlo.